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由此，日本规定从3月9日起来自韩国的入境人员需“待命”14天，且暂停免签入境。韩国外交部将日方所谓“14天待命入境”和“禁止免签入境”的措施界定为“禁止入境措施”，韩外长康京和6日亲自召见了日本驻韩大使冨田浩司表示遗憾并提出抗议。此前有消息称将由外交部第一次官（副部长）赵世暎约见冨田浩，此次改为外长亲自召见，实属罕见。
外交部表示日方此举令人极为遗憾，政府正在考虑采取一切可用的相应措施。外交部6日上午向媒体群发短信称，尽管韩方多次呼吁日方慎重考虑进一步措施，日方仍在事前没有充分协商的情况下采取这种不合理的过分措施，韩方感到极为遗憾，并强烈敦促日方立即重新审视这一措施。
外交部称，韩国正在集中全政府力量防止新型冠状病毒疫情蔓延，韩国优秀的检测诊断能力和积极透明的防疫努力举世公认，鉴于日方在防疫成果显现之际采取这一措施，韩方不能不怀疑其是否另有所图。问及会否采取将日本划入病毒污染区及提高赴日旅行预警等相应措施时，外交部强调，政府最优先考虑国民的健康和安全，正在考虑采取一切可用措施。
与此同时，青瓦台也表示十分遗憾。青瓦台表示，国家安保室室长郑义溶当天上午主持召开国家安全保障会议（NSC）常任委员会会议，委员们对日本针对韩国公民加强入境管制以及面向本国公民上调韩国旅行预警的做法表示了遗憾。委员们表示，韩国通过举世公认的科学、透明的防疫机制严格管控疫情，而日本采取不透明且消极的防疫措施，没有获得国际社会的信任。日本政府发布这种不当措施前没有与韩方事先沟通令人费解，韩方将根据相互主义原则研究必要的应对方案。
据《日本经济新闻》6日报道，日本厚生劳动大臣加藤胜信当天在内阁会议后的记者会称，要求来自两国入境者隔离并非依据日本《检疫法》的措施。他表示，“说到底只是要求”，并透露称此举不具有强制性。加藤胜信表示，隔离地点并无明确要求，因隔离产生的费用由个人承担，日本政府在必要时可提供支援。
