据中央日报报道，对韩亚客机在旧金山机场碰撞机场跑道事故的调查从17日开始在韩美两国双管(Two Track)齐下。第一个是以美国国家运输安全委员会(NTSB)为主导进行的黑匣子分析，第二个是韩国政府对4名失事飞机飞行员的调查。4名飞行员已于7月13日回到韩国，韩政府计划在他们7月16日结束医院诊断后就开始着手调查。国土交通部相关负责人表示“众所周知，飞行员们因事故冲击和NTSB调查倍感疲倦，因此我们认为他们需要做健康检查，出于这一点我们决定在他们检查完之后再进行调查”。
NTSB调查对事故原因的掌握集中在机身缺陷、飞行员过失、管制不熟等因素上。调查结果预计会被用于判断韩亚航空、失事飞机制造公司——波音（Boeing）、旧金山机场等相关企业和机关应该承担什么程度的责任上。与此不同，韩国政府调查的主要目的是掌握飞行员是否违反了国内规定。国土部航空事故善后本部情况班长张万熙说明道“我们预计会确认飞行员们是否遵守飞行程序、其间的教育训练是否有问题以及是否遵守机场的航运条件”。国土部计划一旦通过调查结果发现问题，就会对相关飞行员做出业务停止处分。
另外，韩亚航空已对美国广电局对飞行员的污蔑进行了法律应对研究事务。韩亚相关负责人表示“旧金山地区广播电视台KTVU在介绍飞行员名字时使用了污蔑亚洲人的表述，这严重损害了飞行员和公司的名誉”。KTVU在7月12日的广播中报道飞行员名字时使用了“Sum Ting Wong”、“ Wi Tu Lo”、“ Ho Lee Fuk”、“ Bang Ding Ow”的说法。这些词的意思分别是“哪儿出错了 (Something Wrong)”、“(高度)太低(We Too Low)”、“该死的(Holy Fuck)”、“哐，咚，啊呀(Bang, Ding, Ow)”。
另一方面，随着7月13日出现第三位事故遇难者，中国再度陷入哀悼氛围。中国新华通讯社报道称，当天的第三位遇难者是就读于浙江衢州江山中学的女高中生刘易芃。她与先前两名遇难者同属一个学校。7月13日和14日微博上1000多个哀悼的帖子铺天盖地。韩亚航空社长尹永斗7月14日表示“在此，我向陷入悲痛的家属和亲友以及遇难乘客本人表达深切哀悼，向因此次事故而饱受痛苦的所有人深表歉意”。之前7月12日韩亚航空在中共机关报《人民日报》等20多个当地媒体刊发了道歉文
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